Bernhard Zachhuber wurde 1965 in Linz geboren. Ab 1983 studierte er Konzertfach Klarinette bei Peter Schmidl und Johann Hindler an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst in Wien. 1990 schließ er dieses Studium (Konzertfach-Diplom mit dem Würdigungspreis des Ministeriums für Unterricht und Kunst ausgezeichnet) sowie das Studium der Instrumental-Pädagogik ab.
Am Beginn seiner Laufbahn als professioneller Musiker standen intensive Erfahrungen in verschiedenen Orchestern: Das Ensemble Aktuell, ein Symphonieorchester im Umfeld des Linzer Musikgymnasiums, brachte die erste Begegnung mit Franz Welser-Möst, es folgte die Einladung für mehrere Tourneen im eben von Claudio Abbado gegründeten Gustav Mahler Jugendorchester sowie eine mehrjährige Phase als Gast im Orchester der Wiener Staatsoper und der Wiener Philharmoniker, die ihm eindrückliche Begegnungen mit herausragenden Dirigenten bescherte.
Das Interesse für Komponist:innen, die noch nicht lange, oder überhaupt noch nicht tot waren, bestand bei ihm schon länger und mündete, belebt durch die Teilnahme an Bergs Wozzeck, Zimmermanns Die Soldaten an der Wiener Staatsoper, sowie Messiaens Saint François d’Assise in Salzburg in wiederholte Engagements im Ensemble die reihe und dem Ensemble XX. Jahrhundert, ehe er 1994 Mitglied des Klangforum Wien wurde.
Abgesehen von einigen Ausflügen zu Klassikern der Kammermusik (Mozarts Bläserserenaden, Schubert-Oktett, Sonaten und Klarinettenquintett von Brahms u.a. bei der Mozartwoche in Salzburg und Tokyo oder beim Kammermusikfestival Lockenhaus), ist das Klangforum Wien seither seine künstlerische Heimat. Dieses ermöglichte ihm auch die Begegnung mit Künstler:innen aus den unterschiedlichsten Bereichen: von Christoph Marthaler (Pierrot Lunaire, Quatuor pour la fin du temps bei den Salzburger Festspielen und in der Guggenheim-Foundation/New York), der Choreographin Marlene Monteiro Freitas bis zu Bady Mink, Filmemacherin aus Luxemburg, mit der er die Produktion Free Radicals, eine Verschränkung von Miniaturen aus Film und Musik, entwarf (gezeigt in Venedig, Hamburg, Wien, Brüssel, Luxemburg und New York).
Seit 2008 beschäftigt er sich im Rahmen der Ensembleprofessur des Klangforum Wien an der Kunstuniversität Graz sowie der Sommerakademie Wien – Prag – Budapest mit der Vermittlung zeitgenössischer Musik.
Beat Furrer und Georg Friedrich Haas haben für Bernhard Zachhuber neue Werke der Klarinettenliteratur geschaffen.